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Enregistrement W1491700128 · doi:10.1002/9780470015902.a0020836.pub2

Pseudogene Evolution in the Human Genome

2014· other· en· W1491700128 sur OpenAlexaff
Zhaolei Zhang, Deyou Zheng

Notice bibliographique

RevueEncyclopedia of Life Sciences · 2014
Typeother
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPseudogeneGenomeBiologyHuman genomeGeneticsGeneGenome evolutionRetrotransposonGene duplicationFunction (biology)Evolutionary biologyComputational biologyTransposable element

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Pseudogenes are those regions in a genome that have sequence similarity to functional genes but have decayed and have no obvious functions. It is estimated that the human genome contains more than 10 000 easily recognisable pseudogenes and many more fragmented sequences, that arose mainly through one of the following three mechanisms: duplication, retrotranposition and spontaneous loss of function. The majority of the human retrotransposed (i.e. processed) pseudogenes are primate specific, arising from a burst of retrotransposition activities approximately 45 Ma. Although most of the human pseudogenes are most likely too degenerated to perform a biological function, ∼20% of them exhibit evidence of transcriptional activity based on data from multiple genomic studies. Furthermore, a handful of pseudogene transcripts have been demonstrated experimentally to gain novel functions as noncoding ribonucleic acids (RNAs) , indicating that pseudogenes could be a reservoir for evolution innovation. Key Concepts: Pseudogenes are prevalent in the human genome and other mammalian genomes. Most human pseudogenes are from past retrotranspositions occurring before the split of primate from other lineages. Pseudogenes are a good source of DNA sequences for studying genome evolution. Most human pseudogenes are most likely ‘dead’ but many of them can be transcribed. Some human pseudogenes have adopted functions as noncoding RNAs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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