Genome-Wide Innate Immune Responses in HIV-1-Infected Macrophages Are Preserved Despite Attenuation of the NF-κB Activation Pathway
Notice bibliographique
Résumé
Macrophages contribute to HIV-1 infection at many levels. They provide permissive cells at the site of inoculation, augment virus transfer to T cells, generate long-lived viral reservoirs, and cause bystander cell apoptosis. A body of evidence suggests that the role of macrophages in cellular host defense is also compromised by HIV-1 infection. In this respect, macrophages are potent cells of the innate immune system that initiate and regulate wide-ranging immunological responses. This study focuses on the effect of HIV-1 infection on innate immune responses by macrophages at the level of signal transduction, whole genome transcriptional profiling, and cytokine secretion. We show that in an ex vivo model, M-CSF-differentiated monocyte-derived macrophages uniformly infected with replicating CCR5-tropic HIV-1, without cytopathic effect, exhibit selective attenuation of the NF-kappaB activation pathway in response to TLR4 and TLR2 stimulation. However, functional annotation clustering analysis of genome-wide transcriptional responses to LPS stimulation suggests substantial preservation of gene expression changes at the systems level, with modest attenuation of a subset of up-regulated LPS-responsive genes, and no effect on a selection of inflammatory cytokine responses at the protein level. These results extend existing reports of inhibitory interactions between HIV-1 accessory proteins and NF-kappaB signaling pathways, and whole genome expression profiling provides comprehensive assessment of the consequent effects on immune response gene expression. Unexpectedly, our data suggest innate immune responses are broadly preserved with limited exceptions, and pave the way for further study of the complex relationship between HIV-1 and immunological pathways within macrophages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».