Abstract MP57: Pathway and Network Analysis of GWAS reveals Novel Candidate Causal Links between Key Biological Processes and Coronary Artery Disease
Notice bibliographique
Résumé
Genome-wide association (GWA) studies have identified multiple genetic variants affecting the risk of coronary artery disease (CAD). However, for most of these variants the causal biological mechanisms remain unclear. By integrating GWA data with prior biological knowledge about pathways and functional networks, we sought to obtain novel insights into the causal processes of CAD. Using the iGSEA4GWAS analysis tool and the Reactome pathway database, we carried out a two-stage gene set enrichment analysis strategy. From a discovery cohort of seven large GWAS data sets for CAD (n=9,889 cases, 11,089 controls), nominally significant gene-sets were tested for replication in a meta-analysis of nine additional studies (n=15,502 cases, 55,730 controls) that were part of the CARDIoGRAM Consortium. A total of 32 of the 639 pathways tested representing 22 distinct biological processes showed convincing association with CAD (replication p< 0.05). After adjusting for redundancies by removing pathways with 50% or greater identity with other pathways, 19 pathways representing 9 biological processes remained including those relevant to Notch signaling, extracellular matrix integrity, innate immunity, and lipid metabolism. Network analysis of 751 unique genes within replicated pathways further revealed several interconnected functional modules representing novel associations (semaphorin regulated axonal guidance pathway) as well as confirmatory known processes (lipid metabolism). Our analyses point to potentially novel causal associations between CAD and several biological processes, many of which were not previously linked to CAD. These findings improve our understanding of the biological basis of CAD and highlight potential novel therapeutic targets.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».