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Enregistrement W1516646538 · doi:10.1038/nchembio.1867

The promise and peril of chemical probes

2015· article· en· W1516646538 sur OpenAlexafffund
C.H. Arrowsmith, James E. Audia, Christopher P. Austin, Jonathan B. Baell, Jonathan P. Bennett, Julian Blagg, C. Bountra, Paul E. Brennan, Peter J. Brown, Mark E. Bunnage, Carolyn Buser‐Doepner, Adrian J. Carter, Philip Cohen, Robert A. Copeland, Ben Cravatt, Jayme L. Dahlin, Dashyant Dhanak, A.M. Edwards, Mathias Frederiksen, Stephen V. Frye, Nathanael S. Gray, Charles E. Grimshaw, David Hepworth, Trevor Howe, K. Huber, Jian Jin, Stefan Knapp, Joanne Kotz, Ryan G. Kruger, Derek Lowe, Mary M. Mader, Brian D. Marsden, Anke Mueller‐Fahrnow, Susanne Müller, Rónán C. O’Hagan, John P. Overington, Dafydd R. Owen, Saul H. Rosenberg, Ruth A. Ross, Bryan L. Roth, Matthieu Schapira, Stuart L. Schreiber, Brian K. Shoichet, M. Sundström, Giulio Superti-Furga, Jack Taunton, Leticia Toledo‐Sherman, Chris Walpole, Michael A. Walters, Timothy M. Willson, Paul Workman, Robert N. Young, William J. Zuercher

Notice bibliographique

RevueNature Chemical Biology · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueClick Chemistry and Applications
Établissements canadiensMcGill UniversityUniversity of TorontoSimon Fraser UniversityStructural Genomics ConsortiumPrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnairesUNC Eshelman School of Pharmacy, University of North Carolina at Chapel HillNational Institute of General Medical SciencesMedical Research CouncilNovartis Institutes for BioMedical ResearchUniversity of North Carolina at Chapel HillJanssen Research and DevelopmentNational Institutes of HealthUniversity of TorontoHarvard UniversityÖsterreichischen Akademie der WissenschaftenMonash UniversityCancer Research UKNational Center for Advancing Translational SciencesWellcome TrustGlaxoSmithKlineConstellation PharmaceuticalsEli Lilly and CompanyUniversity of DundeeUniversity of OxfordPfizer
Mots-clésQuality (philosophy)Computer scienceData scienceResource (disambiguation)Risk analysis (engineering)BusinessEpistemology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Chemical probes are powerful reagents with increasing impacts on biomedical research. However, probes of poor quality or that are used incorrectly generate misleading results. To help address these shortcomings, we will create a community-driven wiki resource to improve quality and convey current best practice.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,028
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,048
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,028
Score d'incertitude au seuil0,148

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0280,048
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0030,008
Communication savante0,0100,034
Science ouverte0,0030,007
Intégrité de la recherche0,0080,013
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0160,007

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations850
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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