Abstract 60: Genotranscriptomic meta-analysis of centromere protein A (CENPA): An essential role in human cancer progression
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: As the cancer hallmark, genetic instability caused by abnormal cell division, is characterized with the gain or loss of entire chromosomes. The specific histone-H3 variant, centromere protein-A (CENPA), plays essential role in regulating kinetochore assembly, centromere activity and chromosome stability during cell division. However, the biological function of CENPA in human cancer remains largely uncharacterized. This study aims to determine the prognostic value of CENPA expression in cancer patients and the potential therapeutic target in cancer treatment via the genotranscriptomic meta-analysis. Methods: In order to well address the issue, a comprehensive and unbiased genotranscriptomic meta-analysis of CENPA in human cancers was performed with the clinical patient information databases, i.e. COSMIC, Oncomine and cBioPortal. Results: Based on the analysis, it strongly indicated the widespread cancer promoting role of CENPA. There are no gene fusion, very low point mutation (0.15%) and very rare copy number variation (CNV) gain (0.09%) at the CENPA locus in 15214 patient samples across 33 cancer types. However, transcriptomic analyses indicated high correlation of increased CENPA mRNA levels in various solid cancer tissues compared with normal tissues. Furthermore, the poor clinical outcome among 51 clinical cohorts with different cancer types shows significantly correlation with CENPA up-regulation, especially in breast cancer. More importantly, the CENPA up-regulation is also significantly correlated with the metastasis progression and pathology-assessment in breast cancer patients. The high rank of metastatic related genes correlated with CENPA up-regulation is also confirmed in TCGA breast cancer cohorts. Conclusions: The current study highly indicates the essential cancer promoting role of CENPA in human cancer and its value as prognostic marker in clinical use. It also provides rationale for further investigation of CENPA as potential therapeutic target in breast cancer treatment. Citation Format: Xia Sun, Sifeng Qu. Genotranscriptomic meta-analysis of centromere protein A (CENPA): An essential role in human cancer progression. [abstract]. In: Proceedings of the 106th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2015 Apr 18-22; Philadelphia, PA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(15 Suppl):Abstract nr 60. doi:10.1158/1538-7445.AM2015-60
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».