Linkage Disequilibrium and Haplotype Architecture for two ABC Transporter Genes (<i>ABCC1</i> and <i>ABCG2</i>) in Chinese Population: Implications for Pharmacogenomic Association Studies
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Notice bibliographique
Résumé
Information about linkage disequilibrium (LD) patterns and haplotype structures for candidate genes is instructive for the design and analysis of genetic association studies for complex diseases and drug response. ABCC1 and ABCG2 are genes coding for two multidrug resistance (MDR) associated transporters; they are also related to some pathophysiological traits. To pinpoint the LD profiles of these MDR genes in Chinese, we systemically screened 27 unrelated individuals for single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the coding and regulatory regions of these genes, and thereby characterized their haplotype structures. Despite marked variations in haplotype diversity, LD pattern and intragenic recombination intensity between the two genes, both loci could be partitioned into several LD blocks, in which a modest number of haplotypes accounted for a high fraction of the sampled chromosomes. We concluded that each locus has its own genomic LD profile, but that they still share a common segmental LD architecture with low haplotype diversity. Our data will benefit genetic association studies of complex traits and drug response possibly related to these genes.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle