Epigenetic mechanism causes Wnt9b deficiency and nonsyndromic cleft lip and palate in the A/WySn mouse strain
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The heritable multifactorial etiology of human nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate (CL ± P) is not understood. CL ± P occurs in 15% of neonates in the homozygous A/WySn mouse strain, with a multifactorial genetic etiology, the clf1 and clf2 variant genes. Clf1 acts as a mutant allele of Wnt9b but its coding sequence is normal. An IAP (intracisternal A particle) retrotransposon inserted near the Wnt9b gene is associated with clf1. METHODS: Transcription of noncoding sequence between the IAP and the Wnt9b gene was examined in A/WySn embryos. The levels of Wnt9b transcript and of an "IAP antisense" transcript initiated in the IAP and extending into the noncoding interval were assayed in A/WySn and C57BL/6J whole embryos or heads across embryonic days 8 to 12. Methylation of the 5' LTR of the IAP was examined in E12 A/WySn embryo heads. RESULTS: Mean Wnt9b transcript levels were lower in A/WySn than in C57BL/6J at all ages examined and lower in CL ± P embryos than in their normal littermates. The "IAP antisense" transcript was found in all A/WySn embryos and was highest in CL ± P embryos. The IAP at Wnt9b was generally unmethylated in CL ± P embryos and approximately 50% methylated in normal littermates. CONCLUSION: The clf1 mutation in A/WySn is a "metastable epiallele", in which stochastic deficiency in some individuals of DNA methylation of a retrotransposon uniquely inserted near the Wnt9b gene allows transcriptional activity of the retrotransposon and interference with transcription from Wnt9b. Methylation of metastable epialleles should be investigated in human nonsyndromic CL ± P.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».