Bacterial Acyl Carrier Protein Interacts with the Alarmone SpoT and the Adaptive Response Protein AidB: Roles for Acyl Carrier Protein Beyond Lipid Metabolism
Notice bibliographique
Résumé
Acyl carrier protein (ACP) plays an essential role in the synthesis of bacterial lipids, and is an attractive target for the development of new antibiotic classes. ACP also forms numerous interactions with proteins involved in other cellular processes that have yet to be fully identified or characterized. Using a C‐terminal Tandem Affinity Purification (TAP)‐tagged ACP we identified two ACP binding partners not directly involved in lipid metabolism, AidB and SpoT, that both exhibit increased interaction with ACP in stationary phase. The increase in binding of SpoT, a synthetase and hydrolase of the alarmone guanidine ‐ 5' (tri)diphosphate ‐3'diphosphate, to ACP appears to be due to increased affinity between the two proteins as cells enter stationary phase. In contrast, the increased interaction with AidB, an adaptive response protein, results from elevation in the level of AidB as cells enter stationary phase. AidB levels are also increased upon exposure of cells to alkylating agents. AidB binds DNA directly and we hypothesize that the positively charged DNA binding region of AidB also binds to the negatively charged ACP. AidB binding to ACP may have important functional consequences in DNA repair. To test this, ACP‐AidB protein‐protein interaction domains are being mapped, and we are determining if AidB‐ACP interactions regulate the ability of the cell to respond to DNA damaging agents. (Supported by NSERC)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».