Crystal structures of <i>Klebsiella pneumoniae</i> pantothenate kinase in complex with N‐substituted pantothenamides
Notice bibliographique
Résumé
N-Substituted pantothenamides are derivatives of pantothenate, the precursor in the biosynthesis of the essential metabolic cofactor coenzyme A (CoA). These compounds are substrates of pantothenate kinase (PanK) in the first step of CoA biosynthesis and possess antimicrobial activity against various pathogenic bacteria. Here we solved the crystal structure of the Klebsiella pneumoniae PanK (KpPanK) in complex with N-pentylpantothenamide (N5-Pan) to understand the molecular basis of its antimicrobial activity. The structure reveals a polar pocket interacting with the pantothenate moiety of N5-Pan and an aromatic pocket loosely protecting the pentyl tail, suggesting that the introduction of an aromatic ring to a new pantothenamide may enhance the compound's affinity to KpPanK. To test this idea, we synthesized N-pyridin-3-ylmethylpantothenamide (Np-Pan) and solved its co-crystal structure with KpPanK. The structure reveals two alternat conformations of the aromatic ring of Np-Pan bound at the aromatic pocket, providing the basis for further improvement of pantothenamide binding to KpPanK.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».