Caracterización molecular de cepas de Escherichia coli del grupo clonal O25b:H4-B2-ST131 y de otros clones causantes de infecciones extraintestinales en seres humanos. Genes de virulencia y de resistencia
Notice bibliographique
Résumé
En los ultimos anos, las cepas de Escherichia coli del grupo clonal ST131 se han propagado rapidamente a nivel mundial. Por esa razon, nosotros nos planteamos estudiar las caracteristicas de las cepas ST131 aisladas en los diferentes hospitales espanoles y las comparamos con las cepas no-ST131. En el estudio I, al analizar 654 cepas de E. coli productoras de β-lactamasas de espectro extendido (BLEE) aisladas de pacientes entre 2005 y 2008 en 4 hospitales de Galicia, identificamos 5 grupos clonales productores de CTX-M-14 (O1:HNM-D-ST59, O15:H1-D-ST393, O20:H34/HNM-D-ST354, O25b:H4-B2-ST131 y ONT:H21,42-B1-ST101). Cada grupo clonal mostro un perfil de genes de virulencia y de resistencias especifico. En el estudio II, al caracterizar 94 cepas de E. coli productoras de BLEE aisladas de pacientes de un Hospital de Barcelona en el ano 2008, el grupo clonal O25b:H4-B-ST131 fue el mas prevalente (32%), siendo el 63% de las cepas ST131 productoras de CTX-M-15 y el 27% de SHV-12. Las 30 cepas ST131 exhibieron un significativo mayor numero de genes de virulencia (media 9,6) que las 64 cepas no ST131 (media 5,8). El estudio III es el primero europeo en el que se analizan conjuntamente los grupos clonales O25b:H4-B2-ST131, O15:H1-D-ST393 y GCA-D-ST69, y entre las 500 cepas de E. coli aisladas en 5 hospitales de Espana en el ano 2009 (7% BLEE), observamos que el mas prevalente fue el O25b:H4-B2-ST131 (12%). Las cepas ST131 presentaron el mayor numero de genes de virulencia (media 8,1; rango 4 a 13 genes), comparado con las cepas ST393 (media 6,0; rango 3 a 7) y ST69 (media 5,4; rango 2 a 9). En el estudio IV, analizamos 1.021 cepas de E. coli productoras de BLEE que fueron aisladas en 44 hospitales espanoles. Un total de 195 cepas (19%) fueron del grupo clonal O25b:H4-B2-ST131. Al caracterizar 130 cepas ST131 representativas, el 74% de ellas fueron productoras de CTX-M-15. Desarrollamos un sistema para clasificar las cepas ST131 atendiendo a sus genes de virulencia en virotipos y comprobamos que la mayoria de las cepas de un mismo virotipo se agrupaban clusters especificos generados por PFGE-XbaI implicando una base clonal. En el estudio V, analizamos 3.260 cepas de E. coli bacteriemicas aisladas en el Hospital Universitario Lucus Augusti (HULA) de Lugo entre los anos 1989 y 2011. Entre estas cepas identificamos 9 filoserogrupos prevalentes (O1-D, O2-B2, O4-B2, O6-B2, O8-A, O9-A, O15-D, O18-B2 y O25-B2), siendo el O6-B2 el mas prevalente en los periodos 1989-1998 y 1999-2008 y el O25-B2 en el periodo 2009-2011. Al analizar las 157 cepas ST131 bacteriemicas aisladas entre los anos 1993 y 2011 de pacientes del HULA observamos que los 3 subclones mayoritarios (H30-Rx, H30 no-Rx y H22) son los mismos que predominaban en los estudios realizados recientemente en EE.UU. y Canada. Como novedad concluimos que las cepas de los virotipos A, B, C, E y F pertenecen a los subclones H30-Rx y/o H30 no-Rx, mientras que las cepas del virotipo D pertenecen al subclon H22. Como en los estudios realizados en EE.UU. y Canada observamos que durante los primeros anos (1993-1999) las cepas H22 eran las mas prevalentes, pero desde que emergieron en el 2001 las cepas H30 se fue incrementando continuamente su prevalencia siendo en la actualidad las predominantes. De especial interes clinico es la asociacion del subclon H30-Rx con la produccion de CTX-M-15. Ademas, nuestros resultados indican que las cepas del subclon H30-Rx poseen un mayor numero de genes de virulencia que las cepas del subclon H30 no-Rx. No obstante, ambos subclones estan expandiendose en la actualidad, predominando el subclon H30-Rx entre las cepas productoras de BLEE y el H30 no-Rx entre las cepas resistentes a las quinolonas fluoradas no productoras de BLEE. Nuestros resultados tambien coinciden con los encontrados por otros autores en el sentido que a nivel internacional predominan las cepas O25b:H4-B2-ST131 H30 del virotipo C.
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Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».