Caracterización molecular de cepas de Escherichia coli del grupo clonal O25b:H4-B2-ST131 y de otros clones causantes de infecciones extraintestinales en seres humanos. Genes de virulencia y de resistencia
Bibliographic record
Abstract
En los ultimos anos, las cepas de Escherichia coli del grupo clonal ST131 se han propagado rapidamente a nivel mundial. Por esa razon, nosotros nos planteamos estudiar las caracteristicas de las cepas ST131 aisladas en los diferentes hospitales espanoles y las comparamos con las cepas no-ST131. En el estudio I, al analizar 654 cepas de E. coli productoras de β-lactamasas de espectro extendido (BLEE) aisladas de pacientes entre 2005 y 2008 en 4 hospitales de Galicia, identificamos 5 grupos clonales productores de CTX-M-14 (O1:HNM-D-ST59, O15:H1-D-ST393, O20:H34/HNM-D-ST354, O25b:H4-B2-ST131 y ONT:H21,42-B1-ST101). Cada grupo clonal mostro un perfil de genes de virulencia y de resistencias especifico. En el estudio II, al caracterizar 94 cepas de E. coli productoras de BLEE aisladas de pacientes de un Hospital de Barcelona en el ano 2008, el grupo clonal O25b:H4-B-ST131 fue el mas prevalente (32%), siendo el 63% de las cepas ST131 productoras de CTX-M-15 y el 27% de SHV-12. Las 30 cepas ST131 exhibieron un significativo mayor numero de genes de virulencia (media 9,6) que las 64 cepas no ST131 (media 5,8). El estudio III es el primero europeo en el que se analizan conjuntamente los grupos clonales O25b:H4-B2-ST131, O15:H1-D-ST393 y GCA-D-ST69, y entre las 500 cepas de E. coli aisladas en 5 hospitales de Espana en el ano 2009 (7% BLEE), observamos que el mas prevalente fue el O25b:H4-B2-ST131 (12%). Las cepas ST131 presentaron el mayor numero de genes de virulencia (media 8,1; rango 4 a 13 genes), comparado con las cepas ST393 (media 6,0; rango 3 a 7) y ST69 (media 5,4; rango 2 a 9). En el estudio IV, analizamos 1.021 cepas de E. coli productoras de BLEE que fueron aisladas en 44 hospitales espanoles. Un total de 195 cepas (19%) fueron del grupo clonal O25b:H4-B2-ST131. Al caracterizar 130 cepas ST131 representativas, el 74% de ellas fueron productoras de CTX-M-15. Desarrollamos un sistema para clasificar las cepas ST131 atendiendo a sus genes de virulencia en virotipos y comprobamos que la mayoria de las cepas de un mismo virotipo se agrupaban clusters especificos generados por PFGE-XbaI implicando una base clonal. En el estudio V, analizamos 3.260 cepas de E. coli bacteriemicas aisladas en el Hospital Universitario Lucus Augusti (HULA) de Lugo entre los anos 1989 y 2011. Entre estas cepas identificamos 9 filoserogrupos prevalentes (O1-D, O2-B2, O4-B2, O6-B2, O8-A, O9-A, O15-D, O18-B2 y O25-B2), siendo el O6-B2 el mas prevalente en los periodos 1989-1998 y 1999-2008 y el O25-B2 en el periodo 2009-2011. Al analizar las 157 cepas ST131 bacteriemicas aisladas entre los anos 1993 y 2011 de pacientes del HULA observamos que los 3 subclones mayoritarios (H30-Rx, H30 no-Rx y H22) son los mismos que predominaban en los estudios realizados recientemente en EE.UU. y Canada. Como novedad concluimos que las cepas de los virotipos A, B, C, E y F pertenecen a los subclones H30-Rx y/o H30 no-Rx, mientras que las cepas del virotipo D pertenecen al subclon H22. Como en los estudios realizados en EE.UU. y Canada observamos que durante los primeros anos (1993-1999) las cepas H22 eran las mas prevalentes, pero desde que emergieron en el 2001 las cepas H30 se fue incrementando continuamente su prevalencia siendo en la actualidad las predominantes. De especial interes clinico es la asociacion del subclon H30-Rx con la produccion de CTX-M-15. Ademas, nuestros resultados indican que las cepas del subclon H30-Rx poseen un mayor numero de genes de virulencia que las cepas del subclon H30 no-Rx. No obstante, ambos subclones estan expandiendose en la actualidad, predominando el subclon H30-Rx entre las cepas productoras de BLEE y el H30 no-Rx entre las cepas resistentes a las quinolonas fluoradas no productoras de BLEE. Nuestros resultados tambien coinciden con los encontrados por otros autores en el sentido que a nivel internacional predominan las cepas O25b:H4-B2-ST131 H30 del virotipo C.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".