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Enregistrement W1581151965 · doi:10.1111/j.2041-210x.2010.00066.x

Kit for detection of fungal endophytes of grasses yields inconsistent results

2010· article· en· W1581151965 sur OpenAlexaff
John B. Jensen, Victoria T. González, Diego Urrutia Guevara, T. V. Bhuvaneswari, Piippa R. Wäli, Mysore V. Tejesvi, Anna Maria Pirttilä, Dawn R. Bazely, Mark Vicari, Kari Anne Bråthen

Notice bibliographique

RevueMethods in Ecology and Evolution · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant and fungal interactions
Établissements canadiensYork University
Organismes subventionnairesNorges ForskningsrådAcademy of Finland
Mots-clésNeotyphodiumEndophyteBiologyEpichloëPlant use of endophytic fungi in defenseBotanySymbiosisPoaceaeGeneticsBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary 1. The Agrinostics field immunoblot assay is a colour‐imprint assay originally developed for routinely and rapid detection of mycotoxin‐producing fungi Neotyphodium spp./ Epichloë spp. from samples of pasture, turf, cereals and seeds of agricultural grasses. 2. In addition the Agrinostics immunoblot assay has been used and recommended for exploring the presence and ecological role of Neotyphodium and the closely related Epichloë in several cool season grasses. 3. Here we demonstrate that this method is not limited to detection of only these two species, as several other fungal endophyte genera or species also yielded positive results when mycelia were loaded onto cards. Moreover, other closely related endophyte genera or species were found to yield negative result. Thus, the assay is neither specific to isolates of Neotyphodium / Epichloë nor is it universal for fungal endophyte detection. 4. Our study underscore the fact that the Agrinostics field immunoblot assay should not be used on its own for field research into the broader ecological significance of Neotyphodium/Epichloë. 5. We suggest that the assay may be best suited for use in agricultural fields or in controlled greenhouse experiments for hyphal load estimates, and should always be accompanied by other methods (e.g. microscopic visualization, DNA‐sequencing) to confirm infection frequencies and certify that the endophyte present actually is Neotyphodium/Epichloë .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,741
Score d'incertitude au seuil0,927

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,317
Écart entre enseignants0,285 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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