Kit for detection of fungal endophytes of grasses yields inconsistent results
Notice bibliographique
Résumé
Summary 1. The Agrinostics field immunoblot assay is a colour‐imprint assay originally developed for routinely and rapid detection of mycotoxin‐producing fungi Neotyphodium spp./Epichloë spp. from samples of pasture, turf, cereals and seeds of agricultural grasses. 2. In addition the Agrinostics immunoblot assay has been used and recommended for exploring the presence and ecological role of Neotyphodium and the closely related Epichloë in several cool season grasses. 3. Here we demonstrate that this method is not limited to detection of only these two species, as several other fungal endophyte genera or species also yielded positive results when mycelia were loaded onto cards. Moreover, other closely related endophyte genera or species were found to yield negative result. Thus, the assay is neither specific to isolates of Neotyphodium/Epichloë nor is it universal for fungal endophyte detection. 4. Our study underscore the fact that the Agrinostics field immunoblot assay should not be used on its own for field research into the broader ecological significance of Neotyphodium/Epichloë. 5. We suggest that the assay may be best suited for use in agricultural fields or in controlled greenhouse experiments for hyphal load estimates, and should always be accompanied by other methods (e.g. microscopic visualization, DNA‐sequencing) to confirm infection frequencies and certify that the endophyte present actually is Neotyphodium/Epichloë.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,012 | 0,016 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».