Identification of a putative quantitative trait nucleotide in guanylate binding protein 5 for host response to PRRS virus infection
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Previously, we identified a major quantitative trait locus (QTL) for host response to Porcine Respiratory and Reproductive Syndrome virus (PRRSV) infection in high linkage disequilibrium (LD) with SNP rs80800372 on Sus scrofa chromosome 4 (SSC4). RESULTS: Within this QTL, guanylate binding protein 5 (GBP5) was differentially expressed (DE) (p < 0.05) in blood from AA versus AB rs80800372 genotyped pigs at 7,11, and 14 days post PRRSV infection. All variants within the GBP5 transcript in LD with rs80800372 exhibited allele specific expression (ASE) in AB individuals (p < 0.0001). A transcript re-assembly revealed three alternatively spliced transcripts for GBP5. An intronic SNP in GBP5, rs340943904, introduces a splice acceptor site that inserts five nucleotides into the transcript. Individuals homozygous for the unfavorable AA genotype predominantly produced this transcript, with a shifted reading frame and early stop codon that truncates the 88 C-terminal amino acids of the protein. RNA-seq analysis confirmed this SNP was associated with differential splicing by QTL genotype (p < 0.0001) and this was validated by quantitative capillary electrophoresis (p < 0.0001). The wild-type transcript was expressed at a higher level in AB versus AA individuals, whereas the five-nucleotide insertion transcript was the dominant form in AA individuals. Splicing and ASE results are consistent with the observed dominant nature of the favorable QTL allele. The rs340943904 SNP was also 100 % concordant with rs80800372 in a validation population that possessed an alternate form of the favorable B QTL haplotype. CONCLUSIONS: GBP5 is known to play a role in inflammasome assembly during immune response. However, the role of GBP5 host genetic variation in viral immunity is novel. These findings demonstrate that rs340943904 is a strong candidate causal mutation for the SSC4 QTL that controls variation in host response to PRRSV.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle