Notice bibliographique
Résumé
Abstract HypF is an accessory protein for assembling the NiFe ( CN ) 2 CO active center of [ NiFe ]‐hydrogenases. HypF together with HypE catalyzes the synthesis of the CN ‐ ligands using carbamoylphosphate as the initial substrate. HypF comprises four domains: the acylphosphatase domain, the Zn finger domain, the YrdC ‐like domain with a nucleotide‐binding site and the Kae1‐like “universal domain” with a second nucleotide‐binding site coordinated by a metal. The YrdC ‐ and Kae1‐like domains are juxtaposed with their nucleotide‐binding sites facing each other and sequestered in an internal cavity. The distance between the two sites is approximately 14 Å. The carbamoylphosphate is hydrolyzed to carbamate within the acylphosphatase domain, which then likely migrates through a tunnel in the YrdC ‐like domain toward the ATP molecule bound within this domain's nucleotide‐binding site. The end of the tunnel is near the α‐phosphate of ATP where the carbamate is converted to carbamoyl adenylate intermediate. This intermediate presumably diffuses across the cavity to the nucleotide‐binding site in Kae1‐like domain where the transfer of CN moiety to the C‐terminal cysteine of HypE finally occurs. While the structure discloses the architecture of the various active sites, the details of each catalytic step require further investigations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».