Evolution of Transcription Factors in<i>Caenorhabditis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Transcription factors (TFs) are regulatory proteins controlling gene expression by binding specific motifs associated with their target genes and playing essential roles during development and physiological response to stimuli. The evolution of transcriptional regulation is an important source of phenotypic diversity. The genome of the nematode Caenorhabditis elegans encodes a similar proportion of TFs as the human genome, although TF families show different patterns of expansion in human and in worm. The TF repertoire of C. elegans is well diversified with over 50 TF families. Alternative splicing and gene duplication contribute to the functional diversity of TFs and the rapid evolution of TF protein sequence suggests that TF evolution plays important roles in developmental evolution. Many of the principles that guided the diversification of the worm TFs are likely to be applicable to the evolution of TFs in other organisms. Key Concepts: The genome of C. elegans encodes 988 TFs belonging to 50 distinct families based on the type of DNA‐binding domain. The worm and human genomes encode a similar proportion of TFs, and in both species a third of the TFs show tissue‐specific gene expression. Alternative splicing increases the number of TF transcripts by 22%. Gene duplication contributes significantly to the functional diversification of TFs, and several examples illustrate the different evolutionary trajectories taken by TF duplicates. Tissue‐specific expression, alternative splicing, gene duplication and the combinatorial regulatory activity of TFs reduce the pleiotropic constraints operating on TF sequence evolution. TF factor sequence evolution plays an unappreciated role in developmental evolution. TFs can harbour high level of amino acid variation both between species and within populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».