Design of plant-specific PCR primers for the ETS region with enhanced specificity for tribe<i>Bromeae</i>and their application to other grasses (<i>Poaceae</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Selective primers were developed for the amplification via polymerase chain reaction (PCR) of the external transcribed spacer (ETS) region in the nuclear ribosomal repeat unit. These primers were intended to be specific to the Poaceae tribe Bromeae but were found to function broadly across subfamily Pooideae. ETS primers previously developed for grasses were unable to amplify tribe Bromeae taxa because of ETS variability and several subrepeats. After detailed analysis, a region was chosen and four candidate primers were designed to amplify and sequence the ETS fragment. This fragment of approximately 800–900 bp is located in the 3′ region of the ETS of 18S–26S nuclear ribosomal DNA. A preliminary study with these primers was conducted in eight samples of Bromus. The best two primers showed strong amplification and successful sequencing for all samples tested. We also tested the specificity of these two primers in samples belonging to all large taxa of Bromeae, including all three genera and five subgenera and samples of eight tribes and 15 subtribes of the subfamily Pooideae, and both worked for most of the taxa tested. Our results demonstrate that the ETS region is more informative for resolving relationships at different taxonomic levels than internal transcribed spacer region. Also, these results indicate the utility of these new primers for studying the ETS region in the tribe Bromeae as well as across the subfamily Pooideae.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».