Studies of carbohydrate structure, properties and interactions by nmr spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
In this thesis the structure, properties and interactions of different types of carbohydrates were investigated by NMR spectroscopy. The structures of kappa- (κ) and kappa/mu- (κ/μ) carrageenan oligosaccharides were analyzed by studying the hydroxy protons. It was shown that a hydrogen bonding interaction is present across the 1-4 glycosidic linkages of μ-carrabiose in the κμκ hexa- and κμμκ octasaccharides. The occurrence of hydrogen bonding in κ/μ-carrageenan oligosaccharides may suggest that μ-carrabiose units, mostly found in the non-helicoidal regions of κ-carrageenans have an underestimated role in the structural organization of the κ-carrageenan gel network. Hydroxy proton NMR was also used to study the effect of trehalose on the hydration and hydrogen bonding in lactose in aqueous solutions. The small effects of trehalose on the hydration and hydrogen bonding interaction in lactose were very similar to those found for sucrose. The results suggested that, at concentrations below 40% (w/w), it is the concentration of hydroxy groups that governs sugar-sugar and sugar-water interactions rather than the type of sugar. A method using diffusion-edited NMR spectroscopy was developed for solvent suppression when determining the mannuronic (M) to guluronic (M) acid ratio in alginate polysaccharides. The method could be employed to determine the M/G-ratio at temperatures below 50 °C. Through all of the work in the thesis diffusion-edited NMR experiments also proved to be practical for studies of biomolecules, to for example selectively remove interfering signals from buffer to enable the interpretation of sample signals. The activities and specificities of four different glycosaminoglycan (GAG) sulfatases from the human gut commensal Bacteroides thetaiotaomicron were determined. One of the sulfatases, BT3349, was found to be the first bacterial GAG endolytic-O-sulfatase, with chondroitin specific GalNAc-4-O-sulfatase activity. The other three enzymes were shown to possess strictly exolytic activity, BT3333 as a GalNAc-6-O-sulfatase, BT4656 as a GlcNAc-6-O-sulfatase and the third one, BT1596, as a Δ-4-hexuronate-2-O-sulfatase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».