Genome-wide identification and characterization of heat shock factor genes from pigeonpea (<i>Cajanus cajan</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Genome-wide analysis of heat shock factor ( H s f ) g e n e s was ca r r ied out in p i g e on p e a ( Cajanus cajan ) in order to understand their structure and function. A tot a l of 23 Hsfs w e r e p re dict e d using FGENESH a nd l a b e led a s C c Hsf . Out of the 2 3 g e n e s, 14 unique sequences w e r e s e l ec t e d a nd c h a r a c t er i z e d for t h e ir p re sumed str u c tur e s s u c h a s p r ote i n doma in a nd mo t if o r g a ni z a t i on. The p h y l o g e n e t ic r e lationships a nd e x p re ss i on p r o f i l ing of C cHsf g e n e s under heat-stress w as studied. Phylogenetic analysis showed that CcH s f g e n e s w e r e di s t r i b ut e d i n to eight g r o u p s. I n th i s st u d y , c lasses A, B, and C were f u r ther subdivi d e d in t o subcl a sses such a s A1, A2, A 3, A4, A5, A6, A8, A 9, B1, B 2, B 3 , B 4 and C1. E x p r e ss i on p r o f ili n g of all 14 genes w a s ca r r i e d out by s e m i - q u a nt i ta t ive P CR, among which C c H sfA - 1d and C c HsfA - 2 w e r e observed to be highly upregulated duri n g heat-stress . R e l a t i ve qu a nt i f i ca t i on with qRT- P C R showed that C cHsfA - 1d i s up r e g ul a t e d 2 - 6 h r s af t e r heat-stress indicating its significant role as an early response factor. Our study provides a glimpse of the Hsf gene family in pigeonpea and this information can be utilized to gain more insight into the heat-response mechanism in pigeonpea. Abbreviations: AHA - Aromatic/ Hydrophobic /Acidic; Hsf - Heat Shock Factors; IRRK- Isoleucine, Arginine, Arginine, Lysine; NLS - Nuclear Localization Signal; NES - Nuclear Export Signal
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».