Monitoring Autophagic Flux by Using Lysosomal Inhibitors and Western Blotting of Endogenous MAP1LC3B
Notice bibliographique
Résumé
Assays that monitor autophagic flux, or degradative completion of autophagy, are crucial for the assessment of the dynamic autophagy process in a variety of systems. Such assays help to distinguish between an increase in autophagosomes resulting from induced autophagic activity versus an increase in autophagosomes due to reduced lysosomal turnover. The majority of flux assays use autophagy protein MAP1LC3B (microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B, here referred to as LC3B) as a marker for autophagy, and most are based on the use of reporters. Here, we describe a method, suitable for monitoring flux in primary cells and/or when reporters are not available or desirable, that uses lysosomal inhibitors and the analysis of endogenous LC3B-II (the lipidated form of LC3B that is associated with autophagosomes) by western blotting. A common application of this method, detailed here, is to test whether a treatment of interest (e.g., chemotherapy drug) induces autophagic flux in the cells of interest. If it is found that there is no difference in LC3B-II levels between treatment with lysosomal inhibitor alone versus drug plus lysosomal inhibitor, then this suggests that the drug is not inducing autophagic flux. Elevated levels of LC3B-II in treatments with drug plus lysosomal inhibitor, compared with drug treatment alone and inhibitor treatment alone, indicate that the drug is probably leading to an increase in autophagic flux.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».