Analysis of the transcarbamoylation‐dehydration reaction catalyzed by the hydrogenase maturation proteins HypF and HypE
Notice bibliographique
Résumé
The hydrogenase maturation proteins HypF and HypE catalyze the synthesis of the CN ligands of the active site iron of the NiFe-hydrogenases using carbamoylphosphate as a substrate. HypE protein from Escherichia coli was purified from a transformant overexpressing the hypE gene from a plasmid. Purified HypE in gel filtration experiments behaves predominantly as a monomer. It does not contain statistically significant amounts of metals or of cofactors absorbing in the UV and visible light range. The protein displays low intrinsic ATPase activity with ADP and phosphate as the products, the apparent K(m) being 25 micro m and the k(cat) 1.7 x 10(-3) s(-1). Removal of the C-terminal cysteine residue of HypE which accepts the carbamoyl moiety from HypF affected the K(m) (47 micro m) but not significantly the k(cat) (2.1 x 10(-3) s(-1)). During the carbamoyltransfer reaction, HypE and HypF enter a complex which is rather tight at stoichiometric ratios of the two proteins. A mutant HypE variant was generated by amino acid replacements in the nucleoside triphosphate binding region, which showed no intrinsic ATPase activity. The variant was active as an acceptor in the transcarbamoylation reaction but did not dehydrate the thiocarboxamide to the thiocyanate. The results obtained with the HypE variants and also with mutant HypF forms are integrated to explain the complex reaction pattern of protein HypF.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».