A Single Nucleotide Polymorphism in NF-κB Inducing Kinase Is Associated with Mortality in Septic Shock
Notice bibliographique
Résumé
We tested the hypothesis that single nucleotide polymorphisms (SNPs) within genes of the NF-κB pathway are associated with altered clinical outcome of septic shock patients. We genotyped 59 SNPs in the NF-κB pathway in a discovery cohort of septic shock patients (St. Paul's Hospital [SPH], N = 589), which identified the C allele of rs7222094 T/C within MAP3K14 (NF-κB inducing kinase; NIK) associated with increased 28-d mortality (uncorrected p = 0.00024, Bonferroni corrected p = 0.014). This result was replicated in a second cohort of septic shock patients (Vasopressin and Septic Shock Trial [VASST; N = 616]) in which the CC genotype of rs7222094 was associated with increased 28-d mortality (Cox regression: SPH cohort hazard ratio [HR], 1.35; 95% confidence interval [CI], 1.12-1.64; p = 0.002 Caucasian only; and VASST cohort HR, 1.24; 95% CI, 1.00-1.52; p = 0.048 Caucasian only). Patients having the CC genotype of rs7222094 in SPH experienced more renal and hematological dysfunction (p = 0.003 and p = 0.011), while patients of the VASST cohort with the rs7222094 CC genotype showed the same trend toward more renal dysfunction. In lymphoblastoid cell lines, we found the rs7222094 genotype most strongly associated with mRNA expression of CXCL10, a chemokine regulated by NF-κB. Accordingly, we measured CXCL10 protein levels and found that the CC genotype of rs7222094 was associated with significantly lower levels than those of the TT genotype in lymphoblastoid cell lines (p < 0.05) and in septic shock patients (p = 0.017). This suggests that the CC genotype of NIK rs7222094 is associated with increased mortality and organ dysfunction in septic shock patients, perhaps due to altered regulation of NF-κB pathway genes, including CXCL10.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».