The effect of diet and host genotype on ceca microbiota of Japanese quail fed a cholesterol enriched diet
Notice bibliographique
Résumé
Two Japanese quail strains, respectively atherosclerosis-susceptible (SUS) and -resistant (RES), have been shown to be good models to study cholesterol metabolism and transportation associated with atherosclerosis. Our objective was to examine possible difference in cecal microbiota between these strains when fed a control diet and a cholesterol enriched diet, to determine how host genotype and diet could affect the cecal microbiome that may play a part in cholesterol metabolism. A factorial study with both strains and two diets (control, cholesterol) was carried out. Cecal content was collected from 12 week old quail that have been on their respective diets for 6 weeks. DNA was extracted from the samples and the variable region 3-5 of the bacterial 16S rRNA gene was amplified. The amplicon libraries were subjected to pyrosequencing. Principal Component Analysis (PCA) of β-diversity showed four distinct microbiota communities that can be assigned to the 4 treatment groups (RES/control, RES/cholesterol, SUS/control, SUS/cholesterol). At the Phylum level, the 4 treatment groups has distinct Firmicutes community characteristics but no significant difference in Bacteroidetes. Eubacterium dolichum was rare in RES/control but became overabundant in RES/cholesterol. An unclassified species of Lactobacillaceae was found in abundance in SUS/control but the same species was rare in RES/cholesterol. On the other hand, two Lactobacillus species were only found in RES/control and an unclassified Lachnospiraceae species was abundant in RES/cholesterol but rare in SUS/control. The abundance of four species of Lachnospiraceae, three species of Ruminococcaceae and one species of Coprobacillaceae was positively correlated with plasma Total Cholesterol, plasma LDL, and LDL/HDL ratio. Our study of cecal microbiota in these quail has demonstrated that selection for susceptibility/resistance to diet induced atherosclerosis has also affected the quail's cecal environment to host distinctly different cecal microbiome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».