SEROLOGICAL AND MOLECULAR CHARACTERIZATION OF ISOLATES OF PLUM POX VIRUS STRAIN EL AMAR TO BETTER UNDERSTAND ITS DIVERSITY, EVOLUTION, AND UNIQUE GEOGRAPHICAL DISTRIBUTION
Notice bibliographique
Résumé
Sixteen isolates of Plum pox virus (PPV) were collected during a survey in the Egyptian areas of Sinro and Apoxa (El Fayoum) and El Amar (Nile Delta). All isolates reacted with the universal PPV monoclonal antibody MAb 5B and were identified as PPV strain EA by phylogenetic analysis of the full-length sequence of the coat protein (CP) gene. This classification was confirmed by detection with the strain-specific MAb EA24, except for an isolate denoted APR 50. Detailed analysis of the CP amino acid sequence of the EA isolates and epitope mapping revealed that histidine at amino acid position 65 of the CP sequence is an essential component of the epitope required for MAb EA24 recognition. APR 50 has an arginine substitution at this position. Five EA serogroups were identified, serogroup I being the prevailing one with 10 of the 14 isolates characterized. Moderate serological and relatively high genetic diversity was observed among isolates of PPV-EA. The most variable isolate, APR 48, contained a deletion of 33 nucleotides at the 5’ terminus of the CP gene. The relatively high genetic diversity of PPV-EA suggests that it is not a recent introduction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».