Notice bibliographique
Résumé
Introns and retroelements are hallmarks of eukaryotic genomes, but they are also found in bacteria. Here the different types of bacterial introns and retroelements are summarized, including group I introns, group II introns, archaeal bulge-helix-bulge (BHB) introns, intervening sequences (IVSs) in rRNAs, retrons, and diversity generating elements (DGRs). Except for the retroelements, these elements are evolutionarily unrelated, but nevertheless share intriguing properties. The elements all appear mobile within and among bacterial genomes, and in general, do not have clear phenotypic consequence to their host cells. It is possible that introns and retroelements spread from bacteria to eukaryotes as selfish DNAs or were present in the common ancestor of bacteria and eukaryotes. INTRODUCTION Introns and retroelements are typically considered components of eukaryotic genomes, because they were discovered in eukaryotes and are particularly abundant in higher eukaryotes. The human genome, for example, contains roughly 200,000 introns and nearly 3 million retroelements (including SINEs), dwarfing the number of functional genes, which are estimated at 30,000 (International Human Genome Sequencing Consortium, 2001). Together, introns and retroelements make up nearly half of the human genome and constitute the major types of “junk DNAs.” In bacteria, the major types of “junk DNAs” are transposons and prophages, which can constitute anywhere from <1% to 7% of a genome (e.g., Glaser et al., 2001). Introns and retroelements are comparatively rare in bacteria, but they have generated substantial interest because of their parallels to eukaryotic introns and retroelements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».