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Enregistrement W1904407543 · doi:10.1038/ng.3412

Large-scale genomic analyses link reproductive aging to hypothalamic signaling, breast cancer susceptibility and BRCA1-mediated DNA repair

2015· article· en· W1904407543 sur OpenAlexaff
Felix R. Day, Katherine S. Ruth, Deborah J. Thompson, Kathryn L. Lunetta, Natalia Pervjakova, Daniel I. Chasman, Lisette Stolk, Hilary K. Finucane, Patrick Sulem, Brendan Bulik‐Sullivan, Tõnu Esko, Andrew D. Johnson, Cathy E. Elks, Nora Franceschini, Chunyan He, Elisabeth Altmaier, Jennifer A. Brody, Jennifer E. Huffman, Margaux F. Keller, Patrick F. McArdle, Teresa Nutile, Eleonora Porcu, Antonietta Robino, Lynda M. Rose, Ursula M. Schick, Jennifer A. Smith, Alexander Teumer, Michela Traglia, Dragana Vuckovic, Jie Yao, Wei Zhao, Eva Albrecht, Najaf Amin, Tanguy Corre, Jouke‐Jan Hottenga, Massimo Mangino, Albert V. Smith, Toshiko Tanaka, Gonçalo R. Abecasis, Irene L. Andrulis, Hoda Anton‐Culver, Antonis C. Antoniou, Volker Arndt, Alice M. Arnold, Caterina Barbieri, Matthias W. Beckmann, Alicia Beeghly‐Fadiel, Javier Benı́tez, Leslie Bernstein, Suzette J. Bielinski, Carl Blomqvist, Eric Boerwinkle, Natalia Bogdanova, Stig E. Bojesen, Manjeet K. Bolla, Anne‐Lise Børresen‐Dale, Thibaud Boutin, Hiltrud Brauch, Hermann Brenner, Thomas Brüning, Barbara Burwinkel, Archie Campbell, Harry Campbell, Stephen J. Chanock, J. Ross Chapman, Yii-Der Ida Chen, Georgia Chenevix‐Trench, Fergus J. Couch, Andrea D. Coviello, Angela Cox, Kamila Czene, Hatef Darabi, Immaculata De Vivo, Ellen W. Demerath, Joe Dennis, Peter Devilee, Thilo Dörk, Isabel dos‐Santos‐Silva, Alison M. Dunning, John D. Eicher, Peter A. Fasching, Jessica D. Faul, Jonine D. Figueroa, Dieter Flesch‐Janys, Ilaria Gandin, Melissa E. Garcia, Montserrat García‐Closas, Graham G. Giles, Giorgia Girotto, Mark S. Goldberg, Anna González‐Neira, Mark O. Goodarzi, Megan L. Grove, Daníel F. Guðbjartsson, Pascal Guénel, Xiuqing Guo, Christopher A. Haiman, Per Hall, Ute Hamann, Brian E. Henderson, Lynne J. Hocking, Albert Hofman, Georg Homuth, Maartje J. Hooning, John L. Hopper, Frank B. Hu, Jinyan Huang, Keith Humphreys, David J. Hunter, Anna Jakubowska, Samuel E. Jones, Maria Kabisch, David Karasik, Julia A. Knight, Ivana Kolčić, Charles Kooperberg, Veli‐Matti Kosma, Jennifer Kriebel, Vessela N. Kristensen, Diether Lambrechts, Claudia Langenberg, Jingmei Li, Xin Li, Sara Lindström, Ching‐Ti Liu, Jian’an Luan, Jan Lubiński, Reedik Mägi, Judith Manz, Sara Margolin, Jonathan Marten, Nicholas G. Martin, Corrado Masciullo, Alfons Meindl, Kyriaki Michailidou, Evelin Mihailov, Lili Milani, Roger L. Milne, Martina Müller‐Nurasyid, Michael A. Nalls, Heli Nevanlinna, Patrick Neven, Anne B. Newman, Børge G. Nordestgaard, Janet E. Olson, Sandosh Padmanabhan, Paolo Peterlongo, Ulrike Peters, Astrid Petersmann, Julian Peto, Paul D.P. Pharoah, Nicola Pirastu, Ailith Pirie, Giorgio Pistis, Ozren Polašek, David J. Porteous, Bruce M. Psaty, Katri Pylkäs, Paolo Radice, Leslie J. Raffel, Fernando Rivadeneira, Igor Rudan, Anja Rudolph, Daniela Ruggiero, Cinzia Sala, Serena Sanna, Elinor J. Sawyer, David Schlessinger, Marjanka K. Schmidt, Frank Schmidt, Rita K. Schmutzler, Minouk J. Schoemaker, Robert A. Scott, Caroline Seynaeve, Jacques Simard, Rossella Sorice, Melissa C. Southey, Doris Stöckl, Konstantin Strauch, Anthony J. Swerdlow, Kent D. Taylor, Unnur Þorsteinsdóttir, Amanda E. Toland, Ian M. Tomlinson, Thérèse Truong, Laufey Tryggvadóttír, Stephen T. Turner, Diego Vozzi, Qin Wang, Melissa Wellons, Gonneke Willemsen, James F. Wilson, Robert Winqvist, Bruce H. R. Wolffenbuttel, Alan F. Wright, Drakoulis Yannoukakos, Tatijana Zemunik, Wei Zheng, Marek Zygmunt, Sven Bergmann, Dorret I. Boomsma, Julie E. Buring, Luigi Ferrucci, Grant W. Montgomery, Vilmundur Guðnason, Tim D. Spector, Cornelia M. van Duijn, Behrooz Z. Alizadeh, Marina Ciullo, Laura Crisponi, Douglas F. Easton, Paolo Gasparini, Christian Gieger, Tamara B. Harris, Caroline Hayward, Sharon L. R. Kardia, Peter Kraft, Barbara McKnight, Andres Metspalu, Alanna C. Morrison, Alex P. Reiner, Paul M. Ridker, Jerome I. Rotter, Daniela Toniolo, André G. Uitterlinden, Sheila Ulivi, Henry Völzke, Nicholas J. Wareham, David R. Weir, Laura M. Yerges-Armstrong, Alkes L. Price, Kāri Stefánsson, Jenny A. Visser, Ken K. Ong, Jenny Chang‐Claude, Joanne M. Murabito, John R. B. Perry, Anna Murray

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensUniversité LavalCentre hospitalier universitaire de QuébecPublic Health OntarioLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalMcGill UniversityRoyal Victoria HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Center for Research ResourcesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Center for Advancing Translational SciencesWellcome TrustNational Human Genome Research InstituteNational Institute on Drug AbuseNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute on AgingMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care ResearchNational Cancer InstituteCancer Research UKNational Institutes of HealthFrancis Crick Institute
Mots-clésBiologyBreast cancerDNA repairGeneticsDNAComputational biologyCancer researchCancer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

John Perry and colleagues report the results of a large genome-wide association study meta-analysis to identify variants influencing age at natural menopause. They identify 54 independent signals and find enrichment near genes involved in delayed puberty and DNA damage response. Menopause timing has a substantial impact on infertility and risk of disease, including breast cancer, but the underlying mechanisms are poorly understood. We report a dual strategy in ∼70,000 women to identify common and low-frequency protein-coding variation associated with age at natural menopause (ANM). We identified 44 regions with common variants, including two regions harboring additional rare missense alleles of large effect. We found enrichment of signals in or near genes involved in delayed puberty, highlighting the first molecular links between the onset and end of reproductive lifespan. Pathway analyses identified major association with DNA damage response (DDR) genes, including the first common coding variant in BRCA1 associated with any complex trait. Mendelian randomization analyses supported a causal effect of later ANM on breast cancer risk (∼6% increase in risk per year; P = 3 × 10−14), likely mediated by prolonged sex hormone exposure rather than DDR mechanisms.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,112
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,313
Écart entre enseignants0,294 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations451
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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