Development of a Real-Time qPCR Assay for Quantification of Covert Baculovirus Infections in a Major African Crop Pest
Notice bibliographique
Résumé
Many pathogens and parasites are present in host individuals and populations without any obvious signs of disease. This is particularly true for baculoviruses infecting lepidopteran hosts, where studies have shown that covert persistent viral infections are almost ubiquitous in many species. To date, the infection intensity of covert viruses has rarely been quantified. In this study, we investigated the dynamics of a covert baculovirus infection within the lepidopteran crop pest Spodoptera exempta. A real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR) procedure using a 5' nuclease hydrolysis (TaqMan) probe was developed for specific detection and quantification of Spodoptera exempta nucleopolyhedrovirus (SpexNPV). The qPCR assay indicated that covert baculovirus dynamics varied considerably over the course of the host life-cycle, with infection load peaking in early larval instars and being lowest in adults and final-instar larvae. Adult dissections indicated that, contrary to expectation, viral load aggregation was highest in the head, wings and legs, and lowest in the thorax and abdomen. The data presented here have broad implications relating to our understanding of transmission patterns of baculoviruses and the role of covert infections in host-pathogen dynamics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».