PlantSecKB: the Plant Secretome and Subcellular Proteome KnowledgeBase
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Normal 0 MicrosoftInternetExplorer4 Normal 0 MicrosoftInternetExplorer4 Prediction and curation of protein subcellular locations is essential for protein functional annotation. We developed the Plant Secretome and Subcellular Proteome KnowledgeBase (PlantSecKB) for the plant research community to access and curate plant protein subcellular locations, with a focus on secreted proteins. The database is constructed with all the available plant protein data retrieved from the UniProtKB database and plant protein sequences predicted from EST data assembled by the PlantGDB project. The database contains information collected from three sources: (1) subcellular locations that were curated or computationally predicted in the UniProtKB; (2) subcellular locations and features predicted by eight computational tools; (3) secreted proteins that were curated from recent literature. The categories of subcellular locations include secretome, mitochondria, chloroplast, cytosol, cytoskeleton, endoplasmic reticulum, Golgi apparatus, lysosome, peroxisome, nucleus, vacuole, and plasma membrane. The data can be searched by using UniProt accession number or ID, GenBank GI or RefSeq accession number, gene name, and keywords. Species specific secretome and subcellular proteomes can be searched and downloaded into a FASTA file. BLAST is available to allow users to search the database based on protein sequences. Community curation for subcellular locations of plant proteins is also supported. A primary analysis revealed that monocots and dicots had a similar proportion of secretomes, and monocots had a significantly higher proportion of proteins distributed to mitochondria (both membrane and non-membrane) and chloroplast membrane, while dicots had significantly more proteins distributed to cytosol and nucleus. This database aims to facilitate plant protein research and is available at http://proteomics.ysu.edu/secretomes/plant.php. /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:Table Normal; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-parent:; mso-padding-alt:0in 5.4pt 0in 5.4pt; mso-para-margin:0in; mso-para-margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:10.0pt; font-family:Times New Roman;} /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:Table Normal; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-parent:; mso-padding-alt:0in 5.4pt 0in 5.4pt; mso-para-margin:0in; mso-para-margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:10.0pt; font-family:Times New Roman;}
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle