Novel genomic insertion–deletion in <i>MLH1</i>: possible mechanistic role for non‐homologous end‐joining DNA repair
Notice bibliographique
Résumé
Hereditary non-polyposis colorectal cancer (HNPCC) is an inherited cancer syndrome caused by a defect in the mismatch repair pathway. The majority of HNPCC mutations have been detected in MLH1 and MSH2. Most reported mutations are substitutions, small insertions and deletions, but standard methods of mutation analysis do not detect large rearrangements. It is now established that large deletions, insertions and rearrangements account for a significant proportion of MLH1 and MSH2 mutations. We report an unusual rearrangement resulting in the deletion of exons 6, 7 and 8 of MLH1, with the retention of part of intron 6 and insertions of two nucleotides each flanking the retained sequence. The 349-bp-retained sequence is made up of two closely spaced Alu sequences. The mutation was initially detected by protein truncation test and cDNA sequencing. Multiplex ligation-dependent probe amplification confirmed the deletion of three exons. PCR and sequencing were used to characterize the breakpoint. Despite the high density of Alu elements in MLH1, there is no homology at the deletion breakpoints or insertion junctions in this case to suggest that homologous recombination has occurred. We propose a mechanism involving non-homologous end joining to explain the occurrence of this complex deletion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».