The STAR RNA binding proteins GLD-1, QKI, SAM68 and SLM-2 bind bipartite RNA motifs
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Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: SAM68, SAM68-like mammalian protein 1 (SLM-1) and 2 (SLM-2) are members of the K homology (KH) and STAR (signal transduction activator of RNA metabolism) protein family. The function of these RNA binding proteins has been difficult to elucidate mainly because of lack of genetic data providing insights about their physiological RNA targets. In comparison, genetic studies in mice and C. elegans have provided evidence as to the physiological mRNA targets of QUAKING and GLD-1 proteins, two other members of the STAR protein family. The GLD-1 binding site is defined as a hexanucleotide sequence (NACUCA) that is found in many, but not all, physiological GLD-1 mRNA targets. Previously by using Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX), we defined the QUAKING binding site as a hexanucleotide sequence with an additional half-site (UAAY). This sequence was identified in QKI mRNA targets including the mRNAs for myelin basic proteins. RESULTS: Herein we report using SELEX the identification of the SLM-2 RNA binding site as direct U(U/A)AA repeats. The bipartite nature of the consensus sequence was essential for SLM-2 high affinity RNA binding. The identification of a bipartite mRNA binding site for QKI and now SLM-2 prompted us to determine whether SAM68 and GLD-1 also bind bipartite direct repeats. Indeed SAM68 bound the SLM-2 consensus and required both U(U/A)AA motifs. We also confirmed that GLD-1 also binds a bipartite RNA sequence in vitro with a short RNA sequence from its tra-2 physiological mRNA target. CONCLUSION: These data demonstrate that the STAR proteins QKI, GLD-1, SAM68 and SLM-2 recognize RNA with direct repeats as bipartite motifs. This information should help identify binding sites within physiological RNA targets.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle