Rapid and selective detection of fatty acylated proteins using ω-alkynyl-fatty acids and click chemistry
Notice bibliographique
Résumé
Progress in understanding the biology of protein fatty acylation has been impeded by the lack of rapid direct detection and identification methods. We first report that a synthetic omega-alkynyl-palmitate analog can be readily and specifically incorporated into GAPDH or mitochondrial 3-hydroxyl-3-methylglutaryl-CoA synthase in vitro and reacted with an azido-biotin probe or the fluorogenic probe 3-azido-7-hydroxycoumarin using click chemistry for rapid detection by Western blotting or flat bed fluorescence scanning. The acylated cysteine residues were confirmed by MS. Second, omega-alkynyl-palmitate is preferentially incorporated into transiently expressed H- or N-Ras proteins (but not nonpalmitoylated K-Ras), compared with omega-alkynyl-myristate or omega-alkynyl-stearate, via an alkali sensitive thioester bond. Third, omega-alkynyl-myristate is specifically incorporated into endogenous co- and posttranslationally myristoylated proteins. The competitive inhibitors 2-bromopalmitate and 2-hydroxymyristate prevented incorporation of omega-alkynyl-palmitate and omega-alkynyl-myristate into palmitoylated and myristoylated proteins, respectively. Labeling cells with omega-alkynyl-palmitate does not affect membrane association of N-Ras. Furthermore, the palmitoylation of endogenous proteins including H- and N-Ras could be easily detected using omega-alkynyl-palmitate as label in cultured HeLa, Jurkat, and COS-7 cells, and, promisingly, in mice. The omega-alkynyl-myristate and -palmitate analogs used with click chemistry and azido-probes will be invaluable to study protein acylation in vitro, in cells, and in vivo.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».