Mass spectrometry analysis of HIV-1 envelop proteins
Notice bibliographique
Résumé
For many countries including Russia the development of preventive HIV vaccine became one of the crucial problems in the national survivorship. The purpose of the present study was to use phage display reverse panning (RP) technique for obtaining HIV-1 envelop proteins for LC-MS analysis of their major variability. The naïve human ScFv antibody library expressed on the M13 surface was created using total RNA from lymphocytes of 20 HIV-1 subtype A infected Russian patients. Standard RT with random hexanucleotide oligos, cDNA matrix heavy and light repertoires PCR-amplification, ScFv genes PCR assembly and pCANTAB5E phagemid cloning were used. HIV-1-specific human ScFv libraries were selected after three rounds of biopanning with recombinant diagnostic and native HIV-1 peptides, HIV specificity was confirmed with ELISA and WB, recombinant phages were scanned with SPM contact mode (NanoWizard, JPK instruments). Ultrafiltration, ultracentrifugation, HIV-1-specific libraries immobilized on supermacroporous epoxy-activated cryogel RP (Protista Biotechnology) and SDS-PAGE, consequently, were used for viral proteins concentration. One-dimensional LC-MS-MS Esquire6000Plus (Bruker Daltonics) tryptic cleavage virus peptide's identification was analyzed with Scaffold (UK) and PEAKS (Canada) software complexes and NCBI database. 64 ScFv phage clones were analyzed in crisscross ELISA tests for HIV specificity. ScFv libraries enriched on diagnostic recombinant HIV peptides gp110 and gp160 provided higher (≥96 percent, p ≤ 0.003) specificity to native HIV proteins from patients isolates than libraries after panning at laboratory U455 proteins. Therefore gp110-gp160 phage-presented ScFv were immobilized at cryogel column and concentrated native HIV-1 subtype A proteins in RP successfully. Recombinant M13 has symmetric ScFv ''head'' structure at SPM images. Gp120 and gp41 peptide's LC-MS-MS identification was possible only in samples run through all concentration stages including reverse panning and was not possible in samples without RP. Best RP column eluate fractions were detected in WB. PEAKS complex can be used for HIV envelop peptides quantitative and variability analysis, Scaffold's potency is modest for it. Proteomics databases search revealed the predominance of HIV-1 subtype A Env, Pol and Gag tryptic peptides in native viral samples. The amount of the particular HIV-1 protein variant in the LC-MS sample correlated with the probability of its detection by this method. RP concentration approach can be used for envelop variation's sequence identification of predominating native HIV-1 quasispecies, circulating in the bloodstream. We suppose RP technique and LC--MS-MS as crucial identification methods for HIV preventive vaccines creation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».