Core Residue Replacements Cause Coiled-Coil Orientation Switching<i>in Vitro</i>and<i>in Vivo</i>: Structure−Function Correlations for Osmosensory Transporter ProP
Notice bibliographique
Résumé
Protein ProP acts as an osmosensory transporter in diverse bacteria. C-Terminal residues 468-497 of Escherichia coli ProP (ProPEc) form a four-heptad homodimeric alpha-helical coiled coil. Arg 488, at a core heptad a position, causes it to assume an antiparallel orientation. Arg in the hydrophobic core of coiled coils is destabilizing, but Arg 488 forms stabilizing interstrand salt bridges with Asp 475 and Asp 478. Mutation R488I destabilizes the coiled coil and elevates the osmotic pressure at which ProPEc activates. It may switch the coiled-coil orientation to parallel by eliminating the salt bridges and increasing the hydrophobicity of the core. In this study, mutations D475A and D478A, which disrupt the salt bridges without increasing the hydrophobicity of the coiled-coil core, had the expected modest impacts on the osmotic activation of ProPEc. The five-heptad coiled coil of Agrobacterium tumefaciens ProP (ProPAt) has K498 and R505 at a positions. Mutation K498I had little effect on the osmotic activation of ProPAt, and ProPAt-R505I was activated only at high osmotic pressure; on the other hand, the double mutant was refractory to osmotic activation. Both a synthetic peptide corresponding to ProPAt residues 478-516 and its K498I variant maintained the antiparallel orientation. The single R505I substitution created an unstable coiled coil with little orientation preference. Double mutation K498I/R505I switched the alignment, creating a stable parallel coiled coil. In vivo cross-linking showed that the C-termini of ProPAt and ProPAt-K498I/R505I were antiparallel and parallel, respectively. Thus, the antiparallel orientation of the ProP coiled coil is contingent on Arg in the hydrophobic core and interchain salt bridges. Two key amino acid replacements can convert it to a stable parallel structure, in vitro and in vivo. An intermolecular antiparallel coiled coil, present on only some orthologues, lowers the osmotic pressure required to activate ProP. Formation of a parallel coiled coil renders ProP inactive.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».