Ancestry of <i>KNOX</i> genes revealed by bryophyte (<i>Physcomitrella patens</i>) homologs
Notice bibliographique
Résumé
Summary Structural and phylogenetic studies of KNOX genes identified in the bryophyte Physcomitrella patens are reported here, to provide insights into the evolution of class 1 and class 2 KNOX genes. Three KNOTTED1 ‐like homeobox ( KNOX ) genomic clones were isolated and sequenced from P. patens . Corresponding cDNAs from a library, prepared from mRNA transcripts isolated from gametophytic tissues, were also sequenced. Conceptual translation and analysis of the bryophyte coding sequences revealed a domain pattern and secondary structures typical of higher plant KNOX proteins. Intron number and positions within the genes were also highly conserved between moss and angiosperm loci, providing further support for their homology. Structural and phylogenetic analyses indicated that moss clones ( MKN2 and MKN4 ) represent class 1 KNOX genes and the remaining clone ( MKN1–3 ) is a class 2 KNOX gene. We conclude that the observed protein domain pattern is encoded by homeobox genes that evolved after separation of the plant lineage from that of fungi and animals, and must have been present in the common ancestor to mosses and seed plants. It is proposed that gene duplication and diversification, which created class 1 and 2 KNOX gene subfamilies, occurred after separation of this common ancestor from its algal progenitor (since a characterized algal KNOX gene cannot be assigned to class 1 or 2), but before the moss and higher plant lineages diverged.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».