Rapid detection and identification of the bacterium Pantoea stewartii in maize by TaqMan<sup>®</sup>real-time PCR assay targeting the cpsD gene
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: The development and evaluation of a sensitive and specific TaqMan real-time polymerase chain reaction (PCR) for the detection and identification of Pantoea stewartii on maize. METHODS AND RESULTS: A TaqMan-based real-time PCR assay targeting the cpsD gene enabling specific detection of P. stewartii in maize leaves and seeds was developed. Under optimal conditions, the selected primers and probe were specific for the detection of all 14 reference P. stewartii strains by real-time PCR. The 32 non-Panteoa and eight other Pantoea strains tested negative. The TaqMan PCR assay detected 1 pg of purified DNA and 10(4)P. stewartii colony forming units per millilitre (10 cells per reaction) in pure cultures consisting of 92.0% intact (viable) cells. Direct processing of leaf lesions and seeds by the real-time PCR detected 10 and 50 P. stewartii cells per reaction respectively. TaqMan real-time PCR results were validated by dilution plating of macerates and PCR-based subcloning followed by DNA sequencing. CONCLUSIONS: The real-time PCR assay described is a rapid, reliable and more sensitive tool for the detection of P. stewartii. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This real-time PCR assay would avoid false-negative results and reduce the time required for certifying maize seed shipments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».