An NMR-based Model of the Ubiquitin-bound Human Ubiquitin Conjugation Complex Mms2·Ubc13
Notice bibliographique
Résumé
A heterodimer composed of the catalytically active ubiquitin-conjugating enzyme hUbc13 and its catalytically inactive paralogue, hMms2, forms the catalytic core for the synthesis of an alternative type of multiubiquitin chain where ubiquitin molecules are tandemly linked to one another through a Lys-63 isopeptide bond. This type of linkage, as opposed to the more typical Lys-48-linked chains, serves as a non-proteolytic marker of protein targets involved in error-free post-replicative DNA repair and NF-kappa B signal transduction. Using a two-dimensional (1)H-(15)N NMR approach, we have mapped: 1) the interaction between the subunits of the human Ubc13.Mms2 heterodimer and 2) the interactions between each of the subunits or heterodimer with a non-covalently bound acceptor ubiquitin or a thiolester-linked donor ubiquitin. Using these NMR-derived constraints and an unbiased docking approach, we have assembled the four components of this catalytic complex into a three-dimensional model that agrees well with its catalytic function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».