Free energy of WALP23 dimer association in DMPC, DPPC, and DOPC bilayers
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Notice bibliographique
Résumé
The MARTINI coarse-grained model is used to gain insight into the association of WALP23 helices in three different lipid membranes: DMPC, DPPC and DOPC. Potentials of mean force describing the association of two WALP23 helices embedded in different lipid bilayers indicate no barrier of association and a stabilization of more than 20 kJ mol(-1) of the associated state relative to the fully dissociated state. Association is strongest in DMPC, followed by DPPC and DOPC. Helix-helix association appears to be enthalpically favorable in all lipid bilayers, while the entropic contribution appears favorable only in the presence of significant positive hydrophobic mismatch, in DMPC lipids. The interpretation of this requires care given the coarse-grained nature of the simulations, but the sign of the thermodynamic quantities agrees with experimental measurements on dimerization of (AALALAA)3 peptides and the observed association free energies are within the experimental range. Both protein-protein and lipid-lipid interactions appear to strongly favor protein dimerization, while the interactions between a dimer and lipid are unfavorable relative to the interactions between two separated monomers and lipids. Dimers with antiparallel orientation appear to be thermodynamically favored over parallel dimers, particularly in conditions of greater hydrophobic mismatch, but elucidating the detailed origin of this likely requires simulations of helices for which there is structural data on the dimer. We analyze 3D density, membrane order, and membrane thickness maps using new freely available analysis programs. Although these properties differ somewhat for each lipid, perturbations extend to about 1 nm for lipid density, ~2 nm for ordering and ~2.5 nm for thickness. A striking feature is the appearance and extent of systematic density fluctuations around the helices.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle