<i>Salmonella enterica</i> Serovar Typhi Strains from Which SPI7, a 134-Kilobase Island with Genes for Vi Exopolysaccharide and Other Functions, Has Been Deleted
Notice bibliographique
Résumé
Salmonella enterica serovar Typhi has a 134-kb island of DNA identified as salmonella pathogenicity island 7 (SPI7), inserted between pheU and 'pheU (truncated), two genes for tRNA(Phe). SPI7 has genes for Vi exopolysaccharide, for type IVB pili, for putative conjugal transfer, and for sopE bacteriophage. Pulsed-field gel electrophoresis following digestion with the endonuclease I-CeuI, using DNA from a set of 120 wild-type strains of serovar Typhi assembled from several sources, identified eight strains in which the I-CeuI G fragment, which contains SPI7, had a large deletion. In addition, agglutination tests with Vi antiserum and phage typing with Vi phages show that all eight strains are Vi negative. We therefore tested these strains for deletion of SPI7 by multiplex PCR, by microarray analysis, and by sequencing of PCR amplicons. Data show that seven of the eight strains are precise deletions of SPI7: a primer pair flanking SPI7 results in a PCR amplicon containing a single pheU gene; microarrays show that all SPI7 genes are deleted. Two of the strains produce amplicons which have A derived from pheU at bp 27, while five have C derived from 'pheU at this position; thus, the position of the crossover which results in the deletion can be inferred. The deletion in the eighth strain, TYT1669, removes 175 kb with junction points in genes STY4465 and STY4664; the left junction of SPI7 and adjacent genes, as well as part of SPI7 including the viaB operon for Vi exopolysaccharide, was removed, while the right junction of SPI7 was retained. We propose that these deletions occurred during storage following isolation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».