Systematic Analysis of Host Immunological Pressure on the Envelope Gene of Human Immunodeficiency Virus Type 1 by an Immunobioinformatics Approach
Notice bibliographique
Résumé
As the number of HIV-1 sequences has increased in the public database and new tools of immunological bioinformatics have become available, making it possible to better understand at a population level how host immune response drives the evolution of HIV-1 envelope (Env). We analyzed 1100 unique full-length envelope sequences and systematically determined positive selection (PS) sites by QUASI analysis and found that PS sites were widely dispersed across Env. The frequency of Env PS sites appears to be relatively stable over time. Moreover, between 25% and 61% of PS sites are shared between subtypes A, B, C, and D, suggesting that host immune responses target the same regions of Env gene across different clades at the population level. Significant correlations were observed between PS sites and Neutralizing antibody (NAb) response, as well as PS sites and Th epitopes. Furthermore, NAb sites in combination with cytotoxic-T lymphocyte (CTL) epitopes and proteasome cleavage sites were also significantly associated with PS sites, suggesting NAb may be the major force driving the evolution of HIV-1 Env. We also identified regions that are free from PS, but heavily targeted by CTL or NAb, implying that functional constraints may be responsible for the lack of positive selection in these regions. These findings should help researchers to identify epitopes or regions of HIV-1 that may aid in designing vaccines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».