The phosphatase domains of LAR, CD45, and PTP1B: structural correlations with peptide-based inhibitors<sup>1</sup>
Notice bibliographique
Résumé
PTP1B is a cytosolic protein tyrosine phosphatase that is a regulator of the kinase activity of the insulin receptor; the two protein tyrosine phosphatases LAR and CD45 are receptor type phosphatases crucially important to cell function. LAR also is involved in regulation of the insulin receptor while CD45 is critical for T-cell activation. Although LAR and CD45 are both transmembrane phosphatases, these enzymes manifest their phosphatase activity through a catalytic cytosolic domain. We have utilized X-ray coordinates of related phosphatases (RPTPalpha and RPTmu) and comparative protein modeling to obtain molecular models of the D1 catalytic domains of CD45 and LAR. The models were tested using established protocols and found to be comparable to low resolution X-ray structures. The structure obtained for LAR was compared with the recently reported X-ray structure. Both the CD45-D1 and LAR-D1 structures were then compared to and contrasted with PTP1B. The active site of pockets of the three enzymes were found to be very uniform in structure and charge distribution. Also, the gross surface topology around the active site was found to be somewhat similar for the 3 phosphatases. However, there were significant differences in surface topology, and, more importantly, large changes in surface charge distribution. The differences between the surface features of these enzymes provide an explanation for the selectivity of inhibition by a number of peptides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».