Calmodulin binding to Arabidopsis cyclic nucleotide gated ion channels
Notice bibliographique
Résumé
Recently we have reported that the αC-helix in the cyclic nucleotide binding domain (CNBD) is required for channel regulation and function of cyclic nucleotide gated ion channels (CNGCs) in Arabidopsis. A mutation at arginine 557 to cysteine (R557C) in the αC-helix of the CNBD caused an alteration in channel regulation. Protein sequence alignments revealed that R557 is located in a region that is important for calmodulin (CaM) binding. It has been hypothesized that CaM negatively regulates plant CNGCs similar to their counter parts in animals. However, only a handful of studies has been published so far and we still do not have much information about the regulation of CNGCs by CaM. Here, we conducted in silico binding prediction of CaM and Arabidopsis CNGC12 (AtCNGC12) to further study the role of R557. Our analysis revealed that R557 forms salt bridges with both D79 and E83 in AtCaM1. Interestingly, a mutation of R557 to C causes the loss of these salt bridges. Our data further suggests that this alteration in CaM binding causes the observed altered channel regulation and that R557 plays an important role in CaM binding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».