Combining small and large subunit ribosomal DNA genes to resolve relationships among orders of the Rhodymeniophycidae (Rhodophyta): recognition of the Acrosymphytales ord. nov. and Sebdeniales ord. nov.
Notice bibliographique
Résumé
Published phylogenies based on nuclear small-subunit (SSU) ribosomal DNA have largely failed to resolve ordinal relationships within the Rhodymeniophycidae. Of the nine orders currently recognized, SSU analyses only consistently resolved an association between the Halymeniales and Rhodymeniales. This situation was confounded by an unexpected association between the Rhodymeniales and Gracilariales shown in published combined SSU + LSU (large subunit ribosomal DNA) phylogenies. To investigate this conundrum further, nuclear SSU and LSU sequences were determined to produce a comprehensive combined data set of 61 ingroup taxa, representing 22 families within the Rhodymeniophycidae, emphasizing disparate lineages of the Gigartinales sensu lato. Molecular phylogenies were constructed from individual gene and combined data sets in an effort to achieve increased ordinal resolution. The new analyses realized little increased resolution among the orders, but they did resolve the conflicting taxonomic affinities of the Rhodymeniales indicating that they ally with the Halymeniales and not the Gracilariales. The latter order was affiliated to the Nemastomatales in all SSU-only analyses, as well as for SSU + LSU combined Bayesian results with the covarion option invoked. In addition, the resulting phylogenetic hypotheses have shed light on the taxonomic associations of a few rogue families of the Gigartinales sensu lato. Notably, the Acrosymphytaceae failed to join other families of the Gigartinales and we therefore propose the Acrosymphytales ord. nov. to accommodate this family. The Sebdeniaceae was generally weakly allied as sister to the Rhodymeniales rather than with the Halymeniales where it is currently placed. Owing to its consistently equivocal placement in contemporary molecular analyses, as well as a suite of anatomical characters intermediate between the Halymeniales sensu stricto and Rhodymeniales, we here propose the Sebdeniales ord. nov.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».