The Human Transporter Associated with Antigen Processing
Notice bibliographique
Résumé
The human transporter associated with antigen processing (TAP) is a member of the ATP binding cassette (ABC) transporter superfamily. TAP plays an essential role in the antigen presentation pathway by translocating cytosolic peptides derived from proteasomal degradation into the endoplasmic reticulum lumen. Here, the peptides are loaded into major histocompatibility class I molecules to be in turn exposed at the cell surface for recognition by T-cells. TAP is a heterodimer formed by the association of two half-transporters, TAP1 and TAP2, with a typical ABC transporter core that consists of two nucleotide binding domains and two transmembrane domains. Despite the availability of biological data, a full understanding of the mechanism of action of TAP is limited by the absence of experimental structures of the full-length transporter. Here, we present homology models of TAP built on the crystal structures of P-glycoprotein, ABCB10, and Sav1866. The models represent the transporter in inward- and outward-facing conformations that could represent initial and final states of the transport cycle, respectively. We described conserved regions in the endoplasmic reticulum-facing loops with a role in the opening and closing of the cavity. We also identified conserved π-stacking interactions in the cytosolic part of the transmembrane domains that could explain the experimental data available for TAP1-Phe-265. Electrostatic potential calculations gave structural insights into the role of residues involved in peptide binding, such as TAP1-Val-288, TAP2-Cys-213, TAP2-Met-218. Moreover, these calculations identified additional residues potentially involved in peptide binding, in turn verified with replica exchange simulations performed on a peptide bound to the inward-facing models.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».