A Mechanism-Based ICAT Strategy for Comparing Relative Expression and Activity Levels of Glycosidases in Biological Systems
Notice bibliographique
Résumé
An activity-based isotope-coded affinity tagging (AB-ICAT) strategy for proteome-wide quantitation of active retaining endoglycosidases has been developed. Two pairs of biotinylated, cleavable, AB-ICAT reagents (light H(8) and heavy D(8)) have been synthesized, one incorporating a recognition element for cellulases and the other incorporating a recognition element for xylanases. The accuracy of the AB-ICAT methodology in quantifying relative glycosidase expression/activity levels in any two samples of interest has been verified using several pairs of model enzyme mixtures where one or more enzyme amounts and/or activities were varied. The methodology has been applied to the biomass-degrading secretomes of the soil bacterium, Cellulomonas fimi, under induction by different polyglycan growth substrates to obtain a quantitative profile of the relative expression/activity levels of individual active retaining endoglycanases per C. fimi cell. Such biological profiles are valuable in understanding the strategies employed by biomass-degrading organisms in exploiting environments containing different biomass polysaccharides. This is the first report on the application of an activity-based ICAT method to a biological system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».