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Enregistrement W1969709265 · doi:10.1038/nbt.1666

The BioPAX community standard for pathway data sharing

2010· article· en· W1969709265 sur OpenAlexafffund
Emek Demir, Michael P. Cary, Suzanne Paley, Ken Fukuda, Christian Lemer, Imre Västrik, Guanming Wu, Peter D’Eustachio, Carl F. Schaefer, Joanne Luciano, Frank Schacherer, Irma Martínez‐Flores, Zhenjun Hu, Verónica Jiménez‐Jacinto, Joshi-Tope Geeta, Kumaran Kandasamy, Alejandra López-Fuentes, Huaiyu Mi, Elgar Pichler, Igor Rodchenkov, Andrea Splendiani, Sasha Tkachev, Jeremy Zucker, Gopal Gopinath, Harsha Rajasimha, Ranjani Ramakrishnan, Imran Shah, Mustafa Syed, Nadia Anwar, Özgün Babur, Michael L. Blinov, Erik Brauner, Dan Corwin, Sylva L. Donaldson, Frank Gibbons, Robert N. Goldberg, Peter Hornbeck, Augustin Luna, Peter Murray‐Rust, Eric Neumann, Oliver Ruebenacker, Matthias Samwald, Martijn van Iersel, Sarala Wimalaratne, K.W. Allen, Burk Braun, Michelle Whirl‐Carrillo, Kei-Hoi Cheung, Kam D Dahlquist, Andrew Finney, Marc Gillespie, Elizabeth M. Glass, Li Gong, Robin Haw, Michael Honig, Olivier Hubaut, David W. Kane, Shiva Krupa, Martina Kutmon, Julie Mosty Leonard, Debbie Marks, David Merberg, Victoria Petri, Alexander R. Pico, Dean Ravenscroft, Liya Ren, Nigam H. Shah, Margot Sunshine, Rebecca Tang, Ryan Whaley, Stan Letovksy, Kenneth H. Buetow, Andrey Rzhetsky, Vincent Schächter, Uğur Doğrusöz, Shannon K. McWeeney, Mirit I. Aladjem, Ewan Birney, Julio Collado‐Vides, Susumu Goto, Michael Hucka, Nicolas Le Novère, Natalia Maltsev, Akhilesh Pandey, Paul D. Thomas, Edgar Wingender, Peter D. Karp, Chris Sander, Gary D. Bader

Notice bibliographique

RevueNature Biotechnology · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBioinformatics and Genomic Networks
Établissements canadiensUniversity of OttawaUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Human Genome Research InstituteBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthGenome CanadaOntario GenomicsNational Center for Research ResourcesNational Institute of General Medical SciencesOntario Genomics InstituteU.S. Department of Energy
Mots-clésComputer scienceBiological pathwayBiological dataData exchangeVisualizationFragmentation (computing)Data visualizationData sharingSoftwareData scienceComputational biologyBioinformaticsDatabaseData miningBiologyGeneGeneticsProgramming language

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,017
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesScience ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,995
Score d'incertitude au seuil0,084

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,017
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,003
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,003
Bibliométrie0,0060,009
Études des sciences et des technologies0,0030,001
Communication savante0,0080,009
Science ouverte0,0050,007
Intégrité de la recherche0,0030,008
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0250,039

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,276
Écart entre enseignants0,261 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations756
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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