Prognostic and Predictive Impact of Intrinsic Biological Classification by Immunohistochemistry (IHC) and QPCR for Adjuvant Tamoxifen in Pre-Menopausal Breast Cancer: Results from the NCIC CTG MA.12 Trial.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Aside from the estrogen receptor (ER), there is no other validated predictive biomarker for the magnitude of benefit from tamoxifen. Gene expression profiling has clearly demonstrated that breast cancer is a heterogeneous disease, and has re-classified breast cancer into intrinsic subtypes. We have utilized material from a prospective randomized trial of tamoxifen versus placebo in pre-menopausal women with primary breast cancer who have completed adjuvant chemotherapy (NCIC CTG MA.12 Trial) in order to evaluate the prognostic and predictive significance of intrinsic subtypes as classified by both IHC and qPCR.Methods: A tissue microarray (TMA) was constructed from 492/672 (72%) of the study population. A panel of six IHC antibodies (ER, PR, HER2, EGFR, CK 5/6 and Ki67) was utilized with established cut-offs to define the intrinsic subtypes of luminal A, luminal B, HER-2 and basal. Total RNA from 403/672 (60%) patients was sufficient for intrinsic subtyping with a 50 gene predictor (PAM50) by qPCR. In 354 cases intrinsic subtyping was performed by both methods.Results: There were no significant differences between the initial study population and the TMA series in baseline characteristics. Within the TMA series 39% (n=190) were classified as luminal A, 31% luminal B (n=143) [20% by Ki67 and 11% by HER2], 7% HER2-enriched and 17% basal-like by IHC. Intrinsic subtypes were prognostic with luminal A (5 year 93% OS) having the best outcome and basal-like (5 year 71% OS) the worst (p=0.0086 Wilcoxon). Tamoxifen appeared to benefit the luminal B cancers most (5 year DFS HR 0.67; 95% CI 0.39-1.16: p=0.077) when compared to placebo, however no subtype, nor ER status alone, predicted benefit of tamoxifen in this correlative study. Data for concordance for subtyping by IHC and qPCR as well as prognostic/predictive impact by qPCR subtyping will be presented.Conclusions: Intrinsic biological classification of breast cancer is important for prognosis and may have predictive value for relative benefit to tamoxifen. Further validation of these results are required. Citation Information: Cancer Res 2009;69(24 Suppl):Abstract nr 4056.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».