Fast Molecular Beacon Hybridization in Organic Solvents with Improved Target Specificity
Notice bibliographique
Résumé
DNA hybridization is of tremendous importance in biology, bionanotechnology, and biophysics. Molecular beacons are engineered DNA hairpins with a fluorophore and a quencher labeled on each of the two ends. A target DNA can open the hairpin to give an increased fluorescence signal. To date, the majority of molecular beacon detections have been performed only in aqueous buffers. We describe herein DNA detection in nine different organic solvents, methanol, ethanol, isopropanol, acetonitrile, formamide, dimethylformamide (DMF), dimethyl sulfoxide (DMSO), ethylene glycol, and glycerol, varying each up to 75% (v/v). In comparison with detection in water, the detection in organic solvents showed several important features. First, the molecular beacon hybridizes to its target DNA in the presence of all nine solvents up to a certain percentage. Second, the rate of this hybridization was significantly faster in most organic solvents compared with water. For example, in 56% ethanol, the beacon showed a 70-fold rate enhancement. Third, the ability of the molecular beacon to discriminate single-base mismatch is still maintained. Lastly, the DNA melting temperature in the organic solvents showed a solvent concentration-dependent decrease. This study suggests that molecular beacons can be used for applications where organic solvents must be involved or organic solvents can be intentionally added to improve the molecular beacon performance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».