Do larger genomes contain more diverse transposable elements?
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The genomes of eukaryotes vary enormously in size, with much of this diversity driven by differences in the abundances of transposable elements (TEs). There is also substantial structural and phylogenetic diversity among TEs, such that they can be classified into distinct classes, superfamilies, and families. Possible relationships between TE diversity (and not just abundance) and genome size have not been investigated to date, though there are reasons to expect either a positive or a negative correlation. This study compares data from 257 species of animals, plants, fungi, and "protists" to determine whether TE diversity at the superfamily level is related to genome size. RESULTS: No simple relationship was found between TE diversity and genome size. There is no significant correlation across all eukaryotes, but there is a positive correlation for genomes below 500 Mbp and a negative correlation among land plants. No relationships were found across animals or within vertebrates. Some TE superfamilies tend to be present across all major groups of eukaryotes, but there is considerable variance in TE diversity in different taxa. CONCLUSIONS: Differences in genome size are thought to arise primarily through accumulation of TEs, but beyond a certain point (~500 Mbp), TE diversity does not increase with genome size. Several possible explanations for these complex patterns are discussed, and recommendations to facilitate future analyses are provided.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».