Evolutionary loss of the rdar morphotype in <i>Salmonella</i> as a result of high mutation rates during laboratory passage
Notice bibliographique
Résumé
Rapid evolution of microbes under laboratory conditions can lead to domestication of environmental or clinical strains. In this work, we show that domestication due to laboratory passage in rich medium is extremely rapid. Passaging of wild-type Salmonella in rich medium led to diversification of genotypes contributing to the loss of a spatial phenotype, called the rdar morphotype, within days. Gene expression analysis of the rdar regulatory network demonstrated that mutations were primarily within rpoS, indicating that the selection pressure for scavenging during stationary phase had the secondary effect of impairing this highly conserved phenotype. If stationary phase was omitted from the experiment, radiation of genotypes and loss of the rdar morphotype was also demonstrated, but due to mutations within the cellulose biosynthesis pathway and also in an unknown upstream regulator. Thus regardless of the selection pressure, rapid regulatory changes can be observed on laboratory timescales. The speed of accumulation of rpoS mutations during daily passaging could not be explained by measured fitness and mutation rates. A model of mutation accumulation suggests that to generate the observed accumulation of sigma 38 mutations, this locus must experience a mutation rate of approximately 10(-4) mutations/gene/generation. Sequencing and gene expression of population isolates indicated that there were a wide variety of sigma 38 phenotypes within each population. This suggests that the rpoS locus is highly mutable by an unknown pathway, and that these mutations accumulate rapidly under common laboratory conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».