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Enregistrement W1976794313 · doi:10.1186/s12864-015-1260-7

Small RNAs derived from tRNAs and rRNAs are highly enriched in exosomes from both old and new world Leishmania providing evidence for conserved exosomal RNA Packaging

2015· article· en· W1976794313 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueResearch on Leishmaniasis Studies
Établissements canadiensUniversity of British Columbia HospitalSimon Fraser UniversityUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesCanadian Institutes of Health ResearchConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Mots-clésRNAMicrovesiclesBiologyNon-coding RNALeishmaniaSmall RNAExosome complexExosomeCell biologyLeishmania braziliensisMolecular biologymicroRNAGeneGeneticsCutaneous leishmaniasisLeishmaniasis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Leishmania use exosomes to communicate with their mammalian hosts and these secreted vesicles appear to contribute to pathogenesis by delivering protein virulence factors to macrophages. In other eukaryotes, exosomes were found to carry RNA cargo, such as mRNAs and small non-coding RNAs, capable of altering recipient cell phenotype. Whether leishmania exosomes also contain RNAs which they are able to deliver to bystander cells is not known. Here, we show that leishmania exosomes indeed contain RNAs and compare and contrast the RNA content of exosomes released by Leishmania donovani and Leishmania braziliensis. RESULTS: We purified RNA from exosomes collected from axenic amastigote culture supernatant and found that when compared with total leishmania RNA, exosomes mainly contained short RNA sequences. Exosomes with intact membranes were capable of protecting their RNA cargo from degradation by RNase. Moreover, exosome RNA cargo was delivered to host cell cytoplasm in vitro. Sequencing of exosomal RNA indicated that the majority of cargo sequences were derived from non-coding RNA species such as rRNA and tRNA. In depth analysis revealed the presence of tRNA-derived small RNAs, a novel RNA type with suspected regulatory functions. Northern blotting confirmed the specific and selective enrichment of tRNA-derived small RNAs in exosomes. We also identified a number of novel transcripts, which appeared to be specifically enriched in exosomes compared to total cell RNA. In addition, we observed the presence of sequences mapping to siRNA-coding regions in L. braziliensis , but not in L. donovani exosomes. CONCLUSIONS: These results show that leishmania exosomes are selectively and specifically enriched in small RNAs derived almost exclusively from non-coding RNAs. These exosomes are competent to deliver their cargo of novel, potential small regulatory RNAs to macrophages where they may influence parasite-host cell interactions. The remarkably high degree of congruence in exosomal RNA content between L. donovani and L. braziliensis, argues for the presence of a conserved mechanism for exosomal RNA packaging in leishmania. These findings open up a new avenue of research on non-canonical, small RNA pathways in this trypanosomatid, which may elucidate pathogenesis and identify novel therapeutic approaches.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,119
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,237
Tête enseignante GPT0,329
Écart entre enseignants0,092 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle