Transcriptome Profiling in Hybrid Poplar Following Interactions with<i>Melampsora</i>Rust Fungi
Notice bibliographique
Résumé
In natural conditions, plants are subjected to a combination of biotic stresses and often have to cope with simultaneous pathogen infections. In this report, we aim to understand the global transcriptional response of hybrid poplar NM6 (Populus nigra x P. maximowiczii) to infection by two biotrophic Melampsora fungi, Melampsora larici-populina and M. medusae f. sp. deltoidae. These pathogens triggered different responses after inoculation of poplar leaves. Transcript profiling using the GeneChip Poplar Genome Array revealed a total of 416 differentially expressed transcripts whose expression level was > or = twofold relative to controls. Interestingly, approximately half of the differentially expressed genes in infected leaves showed altered expression following interaction with either of the Melampsora spp. We also infected poplar leaves simultaneously with both Melampsora spp. to investigate potential interaction between the responses to the individual pathogens during a mixed infection. For this mixed inoculation, the number of differentially expressed transcripts increased to 648 and our analysis showed that infection with both fungi also induced a common set of genes. The genes induced after Melampsora spp. infection were mainly related to primary and secondary metabolic processes, cell-wall reinforcement and lignification, defense and stress-related mechanisms, and signal perception and transduction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».